De meest gekozen vorm in de Huiswerkfabriek is de huiswerkbegeleiding. Tijdens de huiswerkbegeleiding wordt de nadruk gelegd op het plannen van het huiswerk, de voorbereiding en het overhoren van proefwerken en schriftelijke overhoringen én het leren zelfstandig werken. De leerling kan met vragen altijd terecht bij het team van begeleiders en gaat pas naar huis als het huiswerk af is.
Huiswerkbegeleiding kan vanaf twee dagen tot maximaal vier dagen per week. Dit kan flexibel naar beneden en naar boven worden bijgesteld. Het doel is dat de leerling uiteindelijk zelfstandig aan de slag gaat.